تصفیه‌کننده‌های گاز داخلی آلاینده‌های رایج مانند اکسیژن، رطوبت و هیدروکربن‌ها را از گازهای حامل و آشکارساز GC حذف می‌کنند. تصفیه‌کننده‌های گاز GC در اندازه‌ها و پیکربندی‌های مختلف مانند تله‌های گاز ترکیبی موجود هستند که رطوبت، اکسیژن ویا مواد آلی را با یک تله حذف می‌کنند. استفاده از تله های اکسیژن و رطوبت برای گاز حامل عمر ستون را افزایش می دهد و از ابزار محافظت می کند. حذف هیدروکربن ها به بهبود خطوط پایه آشکارساز کمک می کند. انواع تصفیه‌کننده‌های گاز شامل: اکسیژن، هیدروژن، آب و هیدروکربن می باشند.

سیستم تصفیه‌کننده‌های گاز، خطر آسیب به ستون، از دست دادن حساسیت و زمان خرابی دستگاه را کاهش می دهد. قرار دادن یک سیستم فیلتر گاز تمیز در مسیر گاز بلافاصله قبل از ورودی سیستم، سطح ناخالصی ها را تا حد زیادی کاهش می دهد، بنابراین آنالیز trace را بهبود می بخشد. آلاینده های وارد شده به ستون GC نیز کاهش می یابد، که برای آنالیز در دمای بالا بسیار مهم است و برای افزایش طول عمر ستون ضروری می نماید.