به طور کلی دو نوع ستون در آنالیزور GC استفاده میشود.

ستون پر شده (Packed Column) و ستون مویین (Capillary Column)
ستون پر شده از ذرات ریزی پر شده که کاملا بی اثر می باشند و توسط فاز مایع پوشیده شده و فاز ساکن را تشکیل می دهند. بیشتر این ستون ها 10-2 متر می باشند و قطری حدود 4-2 میلیمتر دارند. ستون مویین دستگاه جی سی دارای قطر داخلی چند دهم میلیمتر هستند و دارای دونوع می باشند. نوع WCOT که در آن دیواره توسط فاز مایع ساکن پوشیده شده و نوع SCOT که دیواره توسط یک پایه جامد پوشیده شده و فاز مایع روی آن جذب شده است. این لایه بر روی یک ستون از جنس شیشه و یا فلز با قابلیت انعطاف پذیری قرار میگیرد.بطور کلی ستون مویین در دستگاه GC بیشتر از ستون پرشده کاربرد دارد و از بین ستون های مویین مدل WCOT بیشتر از SCOT مورد استفاده قرار میگیرد.